Đối với quy trình ký số trên văn bản điện tử, các cơ quan, tổ chức có thể áp dụng một trong các quy trình ký số sau:
a) Sử dụng một chữ ký số của cơ quan, tổ chức để phát hành văn bản:
Bước 1: Soạn tệp văn bản, ký duyệt, lấy số, đóng dấu (như phát hành văn bản giấy);
Bước 2: Quét văn bản với định dạng .pdf;
Bước 3: Văn thư sử dụng chứng thư số của cơ quan, tổ chức mình, ký số lên tệp văn bản đã quét ở trên;
Bước 4: Phát hành văn bản điện tử đã được ký số.
b) Sử dụng hai chữ ký số (01 chữ ký số của cá nhân, 01 chữ ký số của cơ quan, tổ chức) để phát hành văn bản được thực hiện ký số theo trình tự như sau:
Bước 1: Soạn tập tin văn bản điện tử, gửi trình ký;
Bước 2: Người ký duyệt ký số lên tập tin văn bản điện tử trình ký, chuyển văn thư;
Bước 3: Văn thư lấy số văn bản, cập nhật vào tập tin văn bản trình ký, sử dụng chứng thư số của cơ quan, tổ chức mình ký số lên văn bản điện tử đã được ký duyệt;
Bước 4: Phát hành văn bản điện tử đã được ký số.
c) Sử dụng nhiều chữ ký số, có phát hành văn bản:
Một văn bản điện tử trước khi phát hành có thể qua nhiều người ký số, như: Ký kiểm tra nội dung văn bản, ký kiểm tra thể thức trình bày văn bản, ký duyệt của lãnh đạo, ký của cơ quan, tổ chức. Khi văn bản có sử dụng nhiều chữ ký số thì chữ ký số của cá nhân được thực hiện trước, chữ ký số của cơ quan, tổ chức được thực hiện sau và trước khi phát hành văn bản, văn thư có trách nhiệm kiểm tra, xác thực tính đúng đắn, hợp lệ của từng chữ ký.
d) Sử dụng nhiều chữ ký số, không phát hành văn bản:
Khi cần xác thực nội dung văn bản trong quá trình trao đổi tài liệu hoặc xử lý công việc nhưng không cần phải phát hành văn bản thì có thể sử dụng nhiều chữ ký số loại của cá nhân để ký trên văn bản đó.
e) Sử dụng chữ ký số cho văn bản liên ngành:
Sau khi thống nhất nội dung văn bản liên ngành, cơ quan, tổ chức chủ trì ký số trước rồi chuyển văn bản trên trục văn bản liên thông cho cơ quan, tổ chức tiếp theo, khi tiếp nhận văn bản điện tử đã ký của cơ quan, tổ chức ban hành, cơ quan, tổ chức tiếp theo tiến hành ký số vào văn bản và chuyển lại cơ quan, tổ chức phát hành, Quy trình lặp lại cho đến khi tất cả những cơ quan, tổ chức liên quan ký số vào văn bản.