Căn cứ điểm c.2 khoản 3 Điều 12 Thông tư số 06/2021/TT-BTC, trường hợp hàng hóa nhập khẩu để sản xuất, kinh doanh nhưng đã đưa vào sản xuất hàng xuất khẩu và xuất khẩu sản phẩm ra nước ngoài hoặc đã xuất khẩu vào khi phi thuế quan được hoàn thuế nhập khẩu dã nộp theo quy định tại điều 36 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP ngày 01/9/2016 của Chính phủ, người nộp thuế đã nộp thuế nhập khẩu theo tờ khai hải quan đồnh thời đã nộp thuế nhập khẩu theo Quyết định ấn định thuế của cơ quan hải quan (cơ quan hải quan ấn định thuế và cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai hàng hóa nhập khẩu là hai đơn vị khác nhau), trình tự thực hiện như sau:
a, Chi cục Hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan hàng hóa nhập khẩu phát sinh số tiền thuế đề nghị hoàn thực hiện:
a.1. Tiếp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế, phân loại hồ sơ hoàn thuế;
a.2. Kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế (nếu hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế);
a.3. Kết thúc kiểm tra cần kết luận riêng về số tiền thuế đủ điều kiện hoàn thuế theo tờ khai hải quan và số tiền thuế đủ điều kiện hoàn thuế theo quyết định ấn định thuế;
a.4. Thực hiện ban hành quyết định hoàn thuế đối với số tiền thuế người nộp thuế đã nộp theo tờ khai hải quan hàng hóa nhập khẩu;
a.5. Làm văn bản (ghi rõ tên doanh nghiệp, địa chỉ, mã số thuế, loại thuế, số tiền thuế đề nghị cơ quan hải quan đã ấn định thuế để hoàn thuế, lý do hoàn thuế) gửi cho cơ quan hải quan đã ban hành quyết định ấn định thuế để xử lý hoàn thuế theo quy định.
b, Cơ quan hải quan đã ban hành quyết định ấn định thuế thực hiện:
b.1. Kiểm tra lại hồ sơ đề nghị hoàn thuế đối chiếu với hồ sơ đã thực hiện ấn định thuế và các chứng từ, tài liệu có liên quan;
b.2. Trường hợp các thông tin đầy đủ thì thực hiện ban hành quyết định hoàn thuế. Tại phần căn cứ pháp lý ngoài các căc cứ theo quy định hiện hành, ghi bổ sung thêm “hoàn thuế theo đề nghị của Chi cục Hải quan ... tại công văn số ... ngày ... tháng ... năm”
b.3. Thực hiện hoàn thuế cho doanh nghiệp theo quy định
